海德堡大學成立之前，布拉格大學和維也納大學已相繼成立。當時教會開始分化，世俗政治派別間的斗爭加劇，法耳次州選帝侯魯潑賴希特決定在海德堡建立一所高等院校，目的是推進科學文化發展，保護教會，并以此證明自己是個有遠見的統治者。

     當然，這所學校成立后也有其實際用途：一方面，大學的教授們可以充當他的法律，公使或者顧問；另一方面，大學中培養的各種有用人才今后可以為他的管轄區服務。此外，這所大學還能為法耳次州和它的首府海德堡帶來聲譽。

    當時的教會分裂成兩大水火不容的派別，這為海德堡大學的成立提供了便利條件。巴黎索邦神學院，巴黎大學的前身)的許多德籍教授和學生在這種情勢下離開了所在學校。在海德堡，他們紛紛找到了發揮自己才能的位置。因此海德堡大學幾乎完全是按照索邦神學院的模式建立的。大學成立之初，學校只有4個傳統系科——神學、法學、醫學和藝術系。首任校長是馬西流斯•封•英格亨。校長大印上刻著一句箴言：智慧之書永遠開啟。

     大學成立后不久，它便發展成為歐洲思想文化的中心之一。許多著名的神學家和法學家成為魯潑賴希特三世的顧問。他于1400年8月被萊茵河諸州的選帝侯推舉為國王。海德堡大學中涌現了一批主教、國王特使和宰相。當時的思想界逐漸受到人文主義的影響，海德堡成為德國早期人文主義的發源地。16世紀時，一些著名學者在海德堡大學工作，它于是成為人文主義運動和思潮的搖籃。1518年4月，基督教新教的創始人馬丁•路德在海德堡同教會展開了辯論，并由此產生了持久的影響力：他的追隨者中不乏大學生和碩士生，他們成為德國西南部的宗教改革者。此外，人文主義思潮對神學系的影響也使它接受了宗教改革的新學說。海德堡成為了人文主義科學的中心，散發出思想智慧的光芒。直至今日，海德堡大學的教授們當時起草的《海德堡問答手冊》仍是關于宗教改革的基礎常識書籍。因此，海德堡大學成為博學多識、思想自由的象征，吸引著整個歐洲的學者和學生。